Parse Biosciences, società del gruppo QIAGEN, e Nomic Bio, azienda specializzata in proteomica, hanno annunciato una partnership per creare Cascade, un dataset fondamentale progettato per aiutare i ricercatori a modellare la risposta immunitaria umana e a identificare potenziali bersagli farmacologici.
Il progetto combinerà misurazioni a livello di singola cellula e proteico raccolte in più momenti temporali. È previsto che includa 100 milioni di profili di sequenziamento dell’RNA a singola cellula e oltre 11.000 profili secretomici proteomici, coprendo le risposte delle cellule immunitarie a più di 150.000 condizioni di perturbazione citochinica e farmacologica, singole e combinate.
Abbinando dati trascrittomici e proteomici provenienti dalle stesse risposte immunitarie, Cascade mira a fornire informazioni sui meccanismi alla base della segnalazione immunitaria umana. Le aziende affermano che ciò potrebbe contribuire a colmare la carenza di dati per lo sviluppo di modelli predittivi di cellule virtuali e migliorare la capacità dei ricercatori farmaceutici di identificare e validare bersagli terapeutici.
Il dataset ha ricevuto impegni iniziali da GSK, Pfizer, Sanofi, Graph Therapeutics e Turbine. Parse genererà i dati di sequenziamento dell’RNA a singola cellula presso il proprio GigaLab, una struttura ad alta produttività capace di profilare miliardi di cellule all’anno. Nomic produrrà le misurazioni secretomiche proteomiche utilizzando la propria piattaforma Omini 1000, che misura più di 1.000 proteine secrete nei campioni.
Charlie Roco, cofondatore e chief technology officer di Parse Biosciences, ha dichiarato che lo sviluppo dell’IA biologica è limitato dalla scarsità di dati sulle risposte immunitarie umane a perturbazioni importanti, comprese citochine e farmaci. Ha descritto Cascade come un passo verso la rivelazione di queste interazioni e l’aumento della capacità predittiva dei modelli di IA dei partner.