Parse Biosciences, una empresa de QIAGEN, y la especialista en proteómica Nomic Bio han anunciado una asociación para crear Cascade, un conjunto de datos fundacional diseñado para ayudar a los investigadores a modelar la respuesta inmunitaria humana e identificar posibles dianas farmacológicas.
El proyecto combinará mediciones unicelulares y a nivel de proteínas recopiladas en múltiples momentos. Está previsto que incluya 100 millones de perfiles de secuenciación de ARN unicelular y más de 11.000 perfiles de secretoma proteómico, que abarcarán las respuestas de las células inmunitarias a más de 150.000 condiciones de perturbación individuales y combinadas de citocinas y fármacos.
Al emparejar datos transcriptómicos y proteómicos de las mismas respuestas inmunitarias, Cascade pretende proporcionar información sobre los mecanismos que subyacen a la señalización inmunitaria humana. Las empresas afirman que esto podría ayudar a abordar la escasez de datos para desarrollar modelos predictivos de células virtuales y mejorar la capacidad de los investigadores farmacéuticos para identificar y validar dianas terapéuticas.
El conjunto de datos ha recibido compromisos iniciales de GSK, Pfizer, Sanofi, Graph Therapeutics y Turbine. Parse generará los datos de secuenciación de ARN unicelular en su GigaLab, una instalación de alto rendimiento capaz de perfilar miles de millones de células al año. Nomic producirá las mediciones del secretoma proteómico utilizando su plataforma Omini 1000, que mide más de 1.000 proteínas secretadas en las muestras.
Charlie Roco, cofundador y director de tecnología de Parse Biosciences, afirmó que el desarrollo de la IA biológica está limitado por la escasez de datos sobre las respuestas inmunitarias humanas a perturbaciones importantes, incluidas las citocinas y los fármacos. Describió Cascade como un paso hacia la revelación de estas interacciones y el aumento de la capacidad predictiva de los modelos de IA de los socios.