Parse Biosciences, une société de QIAGEN, et le spécialiste de la protéomique Nomic Bio ont annoncé un partenariat visant à créer Cascade, un jeu de données fondamental conçu pour aider les chercheurs à modéliser la réponse immunitaire humaine et à identifier de potentielles cibles médicamenteuses.
Le projet combinera des mesures unicellulaires et protéiques recueillies à plusieurs moments. Il devrait inclure 100 millions de profils de séquençage de l’ARN unicellulaire et plus de 11 000 profils de sécrétomes protéomiques, couvrant les réponses des cellules immunitaires à plus de 150 000 conditions de perturbation individuelles et combinées impliquant des cytokines et des médicaments.
En associant des données transcriptomiques et protéomiques issues des mêmes réponses immunitaires, Cascade vise à fournir des informations sur les mécanismes à l’origine de la signalisation immunitaire humaine. Les entreprises affirment que cela pourrait contribuer à remédier au manque de données nécessaires au développement de modèles prédictifs de cellules virtuelles et améliorer la capacité des chercheurs en pharmacie à identifier et à valider des cibles thérapeutiques.
Le jeu de données a reçu des engagements initiaux de la part de GSK, Pfizer, Sanofi, Graph Therapeutics et Turbine. Parse produira les données de séquençage de l’ARN unicellulaire dans son GigaLab, une installation à haut débit capable de profiler des milliards de cellules chaque année. Nomic réalisera les mesures du sécrétome protéomique à l’aide de sa plateforme Omini 1000, qui mesure plus de 1 000 protéines sécrétées dans les échantillons.
Charlie Roco, cofondateur et directeur de la technologie de Parse Biosciences, a déclaré que le développement de l’IA biologique était limité par la quantité restreinte de données sur les réponses immunitaires humaines à d’importantes perturbations, notamment les cytokines et les médicaments. Il a décrit Cascade comme une étape vers la révélation de ces interactions et l’accroissement des capacités prédictives des modèles d’IA des partenaires.