Parse Biosciences, ein Unternehmen von QIAGEN, und der auf Proteomik spezialisierte Anbieter Nomic Bio haben eine Partnerschaft zur Entwicklung von Cascade bekannt gegeben, einem grundlegenden Datensatz, der Forschenden helfen soll, die menschliche Immunantwort zu modellieren und potenzielle Wirkstoffziele zu identifizieren.
Das Projekt wird Einzelzell- und Messungen auf Proteinebene kombinieren, die über mehrere Zeitpunkte hinweg erhoben werden. Geplant sind 100 Millionen Einzelzell-RNA-seq-Profile und mehr als 11.000 proteomische Sekretomprofile, die Immunzellreaktionen auf mehr als 150.000 einzelne und kombinierte Zytokin- und Wirkstoffperturbationsbedingungen abdecken.
Durch die Verknüpfung transkriptomischer und proteomischer Daten aus denselben Immunreaktionen soll Cascade Einblicke in die Mechanismen hinter der menschlichen Immunübertragung liefern. Die Unternehmen erklären, dass dies dazu beitragen könnte, einen Datenmangel bei der Entwicklung prädiktiver virtueller Zellmodelle zu beheben und die Fähigkeit pharmazeutischer Forschender zu verbessern, therapeutische Ziele zu identifizieren und zu validieren.
Für den Datensatz liegen erste Zusagen von GSK, Pfizer, Sanofi, Graph Therapeutics und Turbine vor. Parse wird die Einzelzell-RNA-seq-Daten in seinem GigaLab erzeugen, einer Hochdurchsatzanlage, die jährlich Milliarden von Zellen profilieren kann. Nomic wird die proteomischen Sekretommessungen mithilfe seiner Omini-1000-Plattform erstellen, die in den Proben mehr als 1.000 sezernierte Proteine misst.
Charlie Roco, Mitgründer und Chief Technology Officer von Parse Biosciences, sagte, dass die Entwicklung biologischer KI durch begrenzte Daten zu menschlichen Immunreaktionen auf wichtige Perturbationen, darunter Zytokine und Wirkstoffe, eingeschränkt werde. Er bezeichnete Cascade als einen Schritt, um diese Wechselwirkungen sichtbar zu machen und die prädiktive Leistungsfähigkeit der KI-Modelle der Partner zu steigern.