La producción tradicional de ADN personalizado suele implicar ensamblar una secuencia, introducirla en bacterias, cultivar las células y extraer el material resultante. Ribbon Bio está promoviendo una alternativa sin células que evita la propagación bacteriana, la cual puede ser difícil cuando las secuencias son tóxicas o inestables en las bacterias y añade pasos al flujo de trabajo.
El método de la empresa utiliza software para identificar características de las secuencias, como el contenido de GC, las repeticiones, los homopolímeros y las estructuras secundarias. Luego diseña conjuntos de oligos y utiliza enzimas patentadas para ensamblar fragmentos de ADN y formar la molécula final. Ribbon afirma que prescindir del hospedador bacteriano también evita la presencia de endotoxinas y de ADN genómico bacteriano residual en el producto.
Inicialmente, Ribbon ofreció la tecnología a través de su servicio de síntesis MiroSynth, que, según afirma, sigue disponible para moléculas muy complejas. Su kit MiroMine lleva el proceso a los laboratorios de los clientes. La versión de acceso anticipado está diseñada para crear moléculas de hasta aproximadamente 7 kilobases utilizando equipos de laboratorio estándar, de forma manual o automatizada; los guiones para la plataforma están en desarrollo.
En datos de sus propias pruebas, Ribbon comunicó lecturas con una secuencia perfecta en el 100 % de los casos para moléculas de cerca de 3,4 y 6,8 kilobases, y en el 88 % para un constructo de aproximadamente 4 kilobases. La empresa señaló que este último resultado estaba por debajo del umbral de precisión del 90 % que había indicado. También comunicó el ensamblaje de fragmentos con diversos contenidos globales y locales de GC, así como con repeticiones y homopolímeros, en un flujo de trabajo de cuatro horas. Los niveles de endotoxinas fueron iguales o inferiores a 0,1 unidades por microgramo, y no se detectó ADN genómico bacteriano.
Flock Bio, que crea bibliotecas agrupadas de ADN personalizado, es uno de los primeros usuarios. En una prueba interna, su equipo ensambló los 12 fragmentos que procesó con MiroMine; aproximadamente la mitad se describieron como de alta complejidad. Flock afirmó que con el kit se podían completar el ensamblaje de fragmentos, la limpieza, las verificaciones y la ligación agrupada en una jornada laboral. La empresa comparó este proceso con la clonación, que, según señaló, añade de tres a cuatro días, y afirmó que podía entregar una biblioteca completa en el plazo de una semana tras recibir un conjunto de oligos.
Las empresas presentaron este enfoque como una forma de acortar los plazos de producción de ADN y trabajar con secuencias que quizá no puedan mantenerse con éxito en bacterias. Los resultados comunicados se basan en las pruebas de Ribbon Bio y en el estudio interno de Flock Bio, y el programa MiroMine sigue en acceso anticipado.